V6和S6内部有配置控制器，负责通过配置接口把外部存储器中的配置流读出，然后分解出配置数据并将其写入配置内存（SRAM），配置数据传输完成后进入启动序列，然后FPGA开始按照用户逻辑进行工作。或者通过JTAG进行配置。配置数据可以改变从而实现可编程。具体配置过程请查阅相关器件的配置手册。