EC2-F1

Atomic Rules 加入面向 AWS EC2 F1 实例的 AWS 合作伙伴网络。

2017 年 10 月, 费城儿童医院 (CHOP) 与 Edico Genome 通过在 1000 个亚马逊 EC2 F1 实例上使用 Edico Genome 公司的 DRAGEN 加速器管线,共同在快速处理人类全基因组方面于创造了全新的科学界标准。

CHOP 使用 DRAGEN 加速器管线在短短 2 小时 25 分钟内即处理了 1,000 个儿童全基因组。这一成就被吉尼斯世界纪录认定为在最短时间内创下了分析 1000 个人类基因组的世界纪录。该项吉尼斯世界纪录获得了现场评判员的官方认可,并将在同行评审的期刊上发表结果。

该演示使用了 CHOP 专项重点项目中心(即应用基因组中心 (CAG))收录的 1000 例儿童患者的全基因组。匿名基因样本的选择不仅反映了整个生物样本库的组成,而且也代表了最常见的复合基因紊乱症和罕见的单基因疾病。将从亚马逊 S3 Bucket 中的 FASTQ 文件迁移至 EC2 F1.2xlarge 实例,可采用赛灵思 Virtex UltraScale+ 现场可编程门阵列 (FPGA)。DRAGEN 加速器管线功能包括映射、对齐、整理、复制标记以及单倍体调用(haplotype variant calling)等,当将变体调用格式 (VCF) 文件交付回安全的亚马逊 S3 Bucket 时,该过程结束。

【视频】AWS 云端的机器学习加速堆栈

亚马逊 EC2 F1 实例的机器学习演示将通过每秒 10,000 个图像的速率展示。这将介绍与 x86 解决方案相比,FPGA 池化是如何产生高性能、低功耗解决方案的。单个 x86 可以服务 8 个 FPGA,无需 x86 与 FPGA 的 1 比 1。

【视频】:AWS 云上的 FPGA 演示

本视频向您概述了亚马逊 AWS EC2 F1 实例,及其加速工作负载(如数据分析、机器学习、视频转码以及基因组学...)的功能。

【视频】AWS 云上的机器学习加速堆栈

视频演示了亚马逊 AWS EC2 F1 实例上实现的机器学习,该方案展示了每秒超过 10,000 张图像的处理和学习能力。该视频同时也展现了 FPGA 池是如何为您提供一个高性能、且低功耗的解决方案的。一个 x86 可以同时搭配 8 个 FPGA 进行工作,从而不再需要 1:1 地对 CPU 和 FPGA 进行配比。

作者:Sleibso,编译:Stark

Edico Genome公司之前就曾开发出了基因组分析算法,为了实现算法加速,该公司原本打算开发一个ASIC(精简指令集)处理器,但是这种方案灵活性太差,尤其是随着算法的更新,计算性能需求的增加这种方案可能就不能够满足需求了,此外开发一个ASIC处理器也需要较长的时间周期。因此Edico Genome公司将注意力转移到FPGA上,FPGA的灵活性非常适合这种不断迭代开发的需要,随后该公司推出了基于Xilinx 28nm FPGA的Dragen加速器板卡用于基因组分析算法的加速。

图1:Edico Genome公司于2015年推出的DRAGEN加速器板卡

图1:Edico Genome公司于2015年推出的DRAGEN加速器板卡

作者:Sleibso;编译:csc57

网络电子商务巨头亚马逊已经广泛的将多个赛灵思公司的基于16nm FinFET工艺的Virtex UltraScale VU9P FPGA部署到亚马逊弹性计算云(EC2)F1实例上。EC2是亚马逊云计算的基本平台,由于网络通信量复杂且随时变化,用户对计算能力的需求也在随着流量的增减不断变化着。用户可以利用亚马逊提供的应用接口根据需求创建、增加或删除实例。目前加州大学伯克利分校计算机架构研究组 (BAR Group) 具有创意的天才推出了基于云平台的FireSim软硬件协同设计环境和仿真平台,用于设计仿真基于开源架构及指令集的RISC-V的RocketChip处理器。FireSim 是一种周期精准的,利用FPGA加速的数据中心模拟平台,已经在BAR 的FireBox项目中用于原型开发,旨在为第三代仓库级计算机开发系统架构。(参考博文:“通过FireSim和亚马逊EC2 F1实例将数据中心级软硬件协同设计带到云服务。”)

亚马逊EC2 F1实例已广泛采用 Virtex UltraScale+ FPGA

赛灵思公司(Xilinx, Inc.,(NASDAQ:XLNX))宣布,其高性能Xilinx® Virtex® UltraScale+™ 系列 FPGA 现已在亚马逊弹性计算云(Amazon EC2)F1 实例中应用。该实例除了利用 FPGA 提供可编程的硬件加速器之外,还支持用户最佳化他们的计算资源以满足其作业负载的特殊需求。

当亚马逊云端网络服务在云端提供安全且可调整的运算规模时,F1 实例让用户利用FPGA 部署硬件加速器更容易。因为 FPGA 具有可编程能力,用户无需重新设计任何硬件,即可拥有充分的灵活性升级或者优化他们的硬件加速器, 进而缩短评估与创新的时间。

F1 实例将被用来解决需要高带宽、增强型联网,以及超高计算能力的科学、工程,以及商业方面的复杂难题,尤其是对临床基因,财务分析,影像处理,海量资料,安全防护,以及机器学习等对时间敏感的应用特别有利。

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