基因组分析

[PBX]:基于云的基因组分析算法实现

本实例由 Edico Genome 公司带来,基于“云”的基因组分析算法演示。该演示使用了基于赛灵思 All Programmable FPGA 的 AWS F1 实例实现,在使用 AWS F1 实例后,Edico Genome 可以以更低的成本为更为广泛的用户群体提供兼具高准确度,硬件加速的基因组流水线算法实现 —— 只需一个 F1 实例,即可替代多达 80 个的传统计算实例以及相关成本。

作者:Sleibso,编译:Stark

Edico Genome公司之前就曾开发出了基因组分析算法,为了实现算法加速,该公司原本打算开发一个ASIC(精简指令集)处理器,但是这种方案灵活性太差,尤其是随着算法的更新,计算性能需求的增加这种方案可能就不能够满足需求了,此外开发一个ASIC处理器也需要较长的时间周期。因此Edico Genome公司将注意力转移到FPGA上,FPGA的灵活性非常适合这种不断迭代开发的需要,随后该公司推出了基于Xilinx 28nm FPGA的Dragen加速器板卡用于基因组分析算法的加速。

图1:Edico Genome公司于2015年推出的DRAGEN加速器板卡

图1:Edico Genome公司于2015年推出的DRAGEN加速器板卡

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