峰科

近期,华为云携手峰科计算(以下简称“峰科”)发布基于FPGA的基因加速云解决方案,该方案采用GATK(The Genome Analysis Toolkit)标准分析流程,将全基因组测序(WGS)性能提升5倍,比传统模式提升3~5倍,同时测序精度可达99.95%以上,在大幅缩短测序时间的同时实现TCO大幅降低。

基因测序数据分析加速面临的挑战

首先,基因测序分析流程BWT+GATK当前被业界广泛采纳,但采用此流程的传统测序方法需要消耗高额算力及存储资源,且耗时较长。

其次,针对基因测序中高算力需求的smith-waterman,pair-hmm等算法处理,其具有计算并行性,不连续,非规则的存储访问,低bit操作等特性,计算依赖不规则区域的操作会对CPU消耗很大,性能难以提升。

华为云FPGA基因加速解决方案的三大优势

同步内容